Rejestracja

Please leave these two fields as-is:
UWAGA: Prosimy o rozwiązanie prostego równania matematycznego!
zamknij

Zaloguj się

Zapomniałeś hasła?

Jeżeli nie pamiętasz swojego hasła, wyślemy Ci nowe - wystarczy skorzystać ze specjalnego formularza
Przypomnij mi hasło

Zarejestruj się
Napisano: 30 maja 2016

Liczba komentarzy: 0
Zapisywanie mutacji i polimorfizmów (II) – DNA

Autor wpisu
dr n. med. Marzena Wojtaszewska
dr n. med. Marzena Wojtaszewska

Jak zapisać koordynaty sekwencji nukleotydowej? Jak zawrzeć informację o długości i charakterze delecji lub insercji tak, by inni badacze poprawnie ją zinterpretowali? Przedstawiamy drugi z serii artykułów o poprawnej nomenklaturze mutacji i polimorfizmów. Dziś zajmiemy się sekwencją DNA.

Zapisywanie zmian na poziomie DNA

* substytucje oznaczamy zawsze nawiasem trójkątnym, skierowanym w prawo, t.j.  „>” Kierunek zapisu biegnie od nukleotydu pierwotnie znajdującego się w sekwencji referencyjnej, do nukleotydu zmienionego.

– np. 76A>C oznacza zmianę w pozycji 76 nukleotydu z adeniny na cytozynę.

– 88+1G>T (lub w innym zapisie IVS2+1G>T) opisuje substytucję G na T w pierwszym nukleotydzie drugiego intronu,   intron znajduje się w naszym przykładzie pomiędzy nukleotydami 88 i 89 względem sekwencji cDNA. W przypadku, gdy dochodzi do alternatywnego splicingu zawsze zaznaczajmy, którego wariantu transkryptu dotyczy zapis.

– 89-2A>C (lub IVS2-2A>C) analogicznie jak w poprzednim przykładzie symbolizuje substytucje A>C w drugim od końca kodonie intronu drugiego, znajdującego się pomiędzy 88 a 89 nukleotydem cDNA.

-Notacja „76A/C” czasami stosowana jest zamiast A>C, ale jest to odrzucany przez Human Genome Variation Society sposób zapisu.

* delecje oznaczamy skrótem „del” poprzedzonym przez numery nukleotydów flankujących delecję (wchodzących w jej skład!), oddzielone podkreślnikiem (” _ „).

– np. 76_78del (lub zamiennie 76_78delACT) symbolizuje delecję trzech nukleotydów, ACT począwszy od nukleotydu 76, kończąc na 78

– 82_83del  (lub  82_83delTG) oznacza, że np. gdy mamy delecję w sekwencji ACTTTGTGCC (pierwsza adenina od 5′ końca to 76)  to sekwencja ta przyjmie postać ACTTTGCC.

– IVS2_IVS5del (inaczej 88+?_923+? or EX3_5del) to forma zapisu dużych delecji obejmujących granice intron/egzon. Delecja zaczyna się w nieznanej pozycji intronu 2 (po pozycji 88 oznaczającej koniec poprzedzającego egzonu drugiego) i kończy się gdzieś w intronie piątym, konkretna pozycja jednak jest nieznana (jednak po ostatnim nukleotydzie egzonu piątego o numerze 923)

* insercje oznaczamy poprzez dodanie skrótu „ins” po koordynatach nukleotydów flankujących, analogicznie jak w przypadku delecji  oddzielonych od siebie podkreślnikiem (” _ „).

– dla przykładu 76_77insT oznacza wstawienie tyminy pomiędzy nukelotydy 76 i 77

-zapis insercji, np.  83_84insTG może by wymiennie stosowany z zapisem duplikacji 82_83dupTG jeżeli insercja wystąpi w tandemie:  mając sekwencję referencyjną  ACTTTGTGCC (A to 76 nukleotyd) i insercję TG w miejsce oznaczone pogrubieniem ACTTTGTGTGCC można drugie z kolei TG traktować jako duplikację (więcej o notacji duplikacji poniżej)

-w kontekście zmiennej ilości tandemowych powtórzeń (polimorfizm STR) można stosować zapis np. 993(TG)3-6, oznacza to nukleotydy 992-993 zawierają pierwszą parę TG, która jest następnie powtórzona od 3 do 6 razy w populacji.

-czasami zamiast podkreślnika używa się daszku” ^” jako łącznika pomiędzy numerami nukleotydów przy notacji insercji (czyli np. 83^84insTG)ale jest to zapis nierekomendowany

*indele (czyli kombinacja insercji i delecji w danej pozycji nukleotydowej) oznaczamy poprzez podanie numerów nukleotydów, pomiędzy którymi nastąpiła zmiana sekwencji  (analogicznie jak w poprzednich przykładach) z dodatkiem „indel” i symbolami nukleotydów które uległy insercji. Można też wymienić całą sekwencję, która uległa delecji i insercji.

-np.  112_117delinsTG (lub 112_117delAGGTCAinsTG) określa zamianę 112 to 117 ciągu nukleotydów AGGTCA na TG.

-krótsza notacja poprzedniego przykładu może wyglądać tak: 112_117>TG ale nie jest rekomendowana

*duplikacje oznaczamy symbolem „dup”, poprzedzonym koordynatami sekwencji flankujące

-np. 77_79dupCTG oznacza dodatkowe powtórzenie nukleotydów o koordynatach 77 do 79

*inwersje opisuje skrót „inv” poprzedzony koordynatami sekwencji flankującej

-np. 203_506inv (albo 203_506inv304) wskazuje, że w sekwencję zostały włączone 304 nukleotydy począwszy od pozycji 203 (włącznie), a skończywszy na 506.

*translokacje: wytyczne co do określania koordynatów translokacji wciąż ewoluują. Problem nie jest trywialny, ponieważ mamy tu do czynienia w najprostszym modelu ze „sklejeniem się” dwóch zupełnie różnych fragmentów DNA, a więc z sekwencjami o różnych numerach akcesyjnych. Zdarzają się jednak aberracje bardzo złożone, które trudno jest opisać w notacji nukleotydowej.

Translokacje tradycyjnie opisuje się przez podanie typu translokacji, numerów chromosomów, typu ramion i prążków, w obrębie których doszło do złamania chromosomowego. Szczegółową notację zawierają rekomendacje „ISCN 2009: An International System for Human Cytogenetic Nomenclature”. Na poziomie sekwencji DNA postanowiono po prostu za notacją chromosomową w kolejnym nawiasie podać koordynaty wg zamieszczonych tu wcześniej zasad. Ważne jest, by dokładnie określić numery akcesyjne sekwencji, których koordynaty podajemy.

– dla przykładu t(X;4)(p21.2;q35)(857+101_857+102) określa translokację pomiędzy ramieniem p heterochromosomu X a ramieniem q chromosomu pary 4. Breakpoint leży pomiędzy 101 a 102 nukleotydem od końca intronu, łącząc Xp21.2 i   4q34. Uwaga! Numeracja ma zastosowanie tylko w odniesieniu do chromosomu X, bo  odnosi się do pęknięcia tego chromosomu. W odniesieniu do chromosomu 4 koordynaty byłyby inne!

*zmiany w dwóch różnych allelach tego samego locus genowego, tzw zmiany bialleliczne (np. u chorych na choroby dziedziczne) zapisywane są w osobnych nawiasach kwadratowych powiązanych znakiem dodawania, czyli [zmiana 1]+[zmiana 2]

-np. [76A>C] + [76A>C] oznacza homozygotyczną substytucję w 76

-[76A>C] + [?] symbolizuje znaną substytucję A>C w jednym allelu i nieznaną zmianę w drugim allelu.

*dwa warianty w jednym allelu (mutacje monoalleliczne): zapisywane są jak powyżej, z tym że w pojedynczym nawiasie kwadratowym, tj. [mutacja1+mutacja2]

-np. [76A>C + 83G>C] oznacza wystąpienie dwóch substytucji: w pozycji 76 i w pozycji 83

Obecnie dopuszcza się drugi wariant tego zapisu, z separatorem „;” zamiast „+”. W tej notacji [powyższy przykład przybiera formę [76A>C; 83G>C]

Opracowano na podstawie: Nomenclature for the description of sequence variations

<p style=”padding-left: 30px;”>* <strong>substytucje</strong> oznaczamy zawsze nawiasem
image_pdfimage_print
Podziel się ze znajomymi
Skocz do formularza

Komentarze 0

Nikt jeszcze nie skomentował tego wpisu, napisz coś!
  1. Dodaj komentarz
    (wymagany)
    (wymagany)
    (wymagany)

    Pola oznaczone znaczkiem W są obowiązkowe. Musisz wypełnić wszystkie pola wymagane, aby dodać komentarz.
    Twój adres email, który podasz nie zostanie opublikowany z Twoim komentarzem.

    W treści komentarza dozwolone są tagi XHTML: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>

do góry