Rejestracja

Please leave these two fields as-is:
UWAGA: Prosimy o rozwiązanie prostego równania matematycznego!
zamknij

Zaloguj się

Zapomniałeś hasła?

Jeżeli nie pamiętasz swojego hasła, wyślemy Ci nowe - wystarczy skorzystać ze specjalnego formularza
Przypomnij mi hasło

Zarejestruj się
Napisano: 04 listopada 2013

Liczba komentarzy: 0
„Ciche” zmiany w genomie jednak mają głos

Niedawno w PLOS Genetics  opublikowano ciekawe badanie, które dowodzi, że zmiany synonimiczne, tzw. „ciche” w genomie muszki owocowej wcale nie są bez znaczenia. Istnieje duża presja selekcyjna wobec konkretnych sekwencji nukleotydowych, nawet jeżeli ich zmiana nie pociąga za sobą zmiany sekwencji aminokwasów.

Dzięki publikacji Lawrie i wsp. otrzymaliśmy twarde dowody, że nawet niewielkie zmiany SNP w intronach mogą mieć negatywne skutki selekcyjne dla organizmu. Okazuje się, że zmienność w obrębie SNP jest dużo mniejsza, niż przewidziano modelami statystycznymi. A to z kolei dowodzi na istnienia silnej presji selekcyjnej w kierunku jednego lub dwóch alleli w pozornie nic nie znaczących miejscach w genomie.

Istnieją liczne teorie, które mogą tłumaczyć tę zależność:  w sekwencji niekodującej zawarta jest informacja regulatorowa, miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych,  osłabiających bądź wzmagających zwinięcie chromatyny i innych, o których pewnie jeszcze nie wiemy. Również zmiany synonimiczne w sekwencji kodującej nie zawsze są neutralne- niektóre kodony mają znaczenie dla regulacji epigenetycznej oraz dla wydajności maszynerii transkrypcyjnej i splicingowej. Po prostu wciąż jeszcze za mało wiemy o złożonych działaniach w obrębie epigenomu, by móc przewidzieć wiele z tych interakcji.

Wspomniana praca to dzieło sztuki jeśli wziąć pod uwagę zastosowane metody statystyczne, więc nie można jej nic zarzucić pod względem merytorycznym. Napisana jest co prawda językiem bardzo ciężkim w odbiorze dla nie-bioinformatyka, ale dostarcza dowodów, że nasze spojrzenie na genom i zmienność polimorficzną musi być szersze, jeżeli chcemy zrozumieć jej wpływ na funkcjonowanie organizmu.

Marzena Pieronkiewicz

Drosophila hydei

Piśmiennictwo:

Lawrie DS., Messer PW., Hershberg R. et al. Srong Purifying Selection at Synonymous Sites in D. melanogaster. PLoS Genet, 2013; 9, 5: e1003527

 

image_pdfimage_print
Podziel się ze znajomymi
Skocz do formularza

Komentarze 0

Nikt jeszcze nie skomentował tego wpisu, napisz coś!
  1. Dodaj komentarz
    (wymagany)
    (wymagany)
    (wymagany)

    Pola oznaczone znaczkiem W są obowiązkowe. Musisz wypełnić wszystkie pola wymagane, aby dodać komentarz.
    Twój adres email, który podasz nie zostanie opublikowany z Twoim komentarzem.

    W treści komentarza dozwolone są tagi XHTML: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>

do góry