Rejestracja

Please leave these two fields as-is:
UWAGA: Prosimy o rozwiązanie prostego równania matematycznego!
zamknij

Zaloguj się

Zapomniałeś hasła?

Jeżeli nie pamiętasz swojego hasła, wyślemy Ci nowe - wystarczy skorzystać ze specjalnego formularza
Przypomnij mi hasło

Zarejestruj się
Napisano: 07 września 2012

Liczba komentarzy: 1
ENCODE – nowe zaskakujące dane na temat genomu człowieka.

Kolejny raz następuje zmiana dotychczasowych poglądów na genom człowieka. Okazuje się, że znacznie większa część genomu Homo sapiens niż dotychczas sądzono zawiera kodujące DNA, a śmieciowe DNA niekoniecznie musi zawierać nic nie warte sekwencje. Nowe ustalenia dotyczące genomu ludzkiego publikuje dzisiaj konsorcjum ENCODE  pod przewodnictwem uniwersytetu w Cambridge, na łamach magazynów „Nature”, „Science”,  „Cell”, „Genome Biology” i „Genome Research”.

W przedsięwzięciu ENCODE uczestniczyło ponad 400 specjalistów z USA, Wielkiej Brytanii, Hiszpanii, Japonii i Singapuru. W 2003 roku  opublikowali oni pierwsze „wydanie” Encyklopedii Elementów DNA właśnie zwanej „Encode, w której zawarto dane o zsekwencjonowaniu genomu człowieka. Obecnie badacze  w znaczący sposób poszerzyli dotychczasową wiedzę.

Do tej pory większość prac konsorcjum skupiona była na analizie fragmentów kodujących białka, jednak konsorcjum ENCODE zajęło się również tzw. śmieciowym DNA – o którym dotychczas sądzono, że nie pełni żadnej ważniejszej funkcji i fragmenty te są pozostałością po rozwoju ewolucyjnym.

Tymczasem przełomowe wyniki uzyskane przez konsorcjum ENCODE świadczą o tym, że znacznie większa część ludzkiego genomu, niż dotychczas sądzono, jest aktywna biologicznie. Według badaczy w DNA uważanym dotychczas za śmieciowe znajdują się ważne fragmenty regulatorowe ekspresji.

Oczywiście zaburzenia w budowie i tych fragmentów mogą być przyczyną bardzo poważnych stanów chorobowych.  Jak podają autorzy pracy dokładne zbadanie tych mechanizmów regulacyjnych potrwa wiele lat, ale być może przyczyni się do poznania molekularnych podstaw niektórych schorzeń.

 

Artykuły, które obligatoryjnie powinien przeczytać każdy, kto na poważnie zajmuje się biologią molekularną i biotechnologią:

This overview of the ENCODE project outlines the data accumulated so far, revealing that 80% of the human genome now has at least one biochemical function assigned to it; the newly identified functional elements should aid the interpretation of results of genome-wide association studies, as many correspond to sites of association with human disease.

An extensive map of human DNase I hypersensitive sites, markers of regulatory DNA, in 125 diverse cell and tissue types is described; integration of this information with other ENCODE-generated data sets identifies new relationships between chromatin accessibility, transcription, DNA methylation and regulatory factor occupancy patterns.

DNase I footprinting in 41 cell and tissue types reveals millions of short sequence elements encoding an expansive repertoire of conserved recognition sequences for DNA-binding proteins.

 

A description is given of the ENCODE consortium’s efforts to examine the principles of human transcriptional regulatory networks; the results are integrated with other genomic information to form a hierarchical meta-network where different levels have distinct properties.

 

A description is given of the ENCODE effort to provide a complete catalogue of primary and processed RNAs found either in specific subcellular compartments or throughout the cell, revealing that three-quarters of the human genome can be transcribed, and providing a wealth of information on the range and levels of expression, localization, processing fates and modifications of known and previously unannotated RNAs.

 

LETTER

Chromosome conformation capture carbon copy (5C) is used to look at the relationships between functional elements and distal target genes in 1% of the human genome in three dimensions; the study describes numerous long-range interactions between promoters and distal sites that include elements resembling enhancers, promoters and CTCF-bound sites, their genomic distribution and complex interactions.

 

Nature -śmieciowe DNA wcale nie jest tak śmieciowe, jak by się to wydawało.

image_pdfimage_print
Podziel się ze znajomymi
Skocz do formularza

Komentarze 1

  1. 1

    to ja od siebie dodam bardzo fajna aplikacje ulatwiajaca poruszanie sie po publikacjach ENCODE :
    http://www.nature.com/encode/#/threads/transcription-factor-motifs/dna-elements

    enjoy 🙂

    5 lat temu
  2. Dodaj komentarz
    (wymagany)
    (wymagany)
    (wymagany)

    Pola oznaczone znaczkiem W są obowiązkowe. Musisz wypełnić wszystkie pola wymagane, aby dodać komentarz.
    Twój adres email, który podasz nie zostanie opublikowany z Twoim komentarzem.

    W treści komentarza dozwolone są tagi XHTML: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>

do góry