Rejestracja

Please leave these two fields as-is:
UWAGA: Prosimy o rozwiązanie prostego równania matematycznego!
zamknij

Zaloguj się

Zapomniałeś hasła?

Jeżeli nie pamiętasz swojego hasła, wyślemy Ci nowe - wystarczy skorzystać ze specjalnego formularza
Przypomnij mi hasło

Zarejestruj się
Napisano: 20 października 2011

Liczba komentarzy: 0
Analiza bioróżnorodności bez PCR

Na łamach ostatniego wydania Applied And Environmental Microbiology zaprezentowano niezależną od PCR metodę detekcji mikroorganizmów w próbach środowiskowych. Rozwiązanie opracowane przez grupę naukowców z Berkeley Lab polega na bezpośredniej hybrydyzacji materiału genetycznego na mikromacierzy o dużej gęstości o nazwie PhyloChip.

Macierz PhyloChip, o rozdzielczości 8 471 taksonów z wyodrębnieniem podrodzin, może zostać wykorzystana na dwa różne sposoby: do bezpośredniej hybrydyzacji 16S rRNA (dirRNA) lub dwuniciowego komplementarnego DNA (dscDNA). Oba warianty bezpośredniej hybrydyzacji mają wyeliminować odchylenia wynikające z wcześniejszej amplifikacji materiału genetycznego pochodzącego z wielu różnych matryc. Małe podjednostki rRNA posiadają także przewagę nad DNA jako marker molekularny komórek aktywnych metabolicznie — ponieważ stanowią integralny element struktury rybosomu, a ilość rybosomów koreluje z aktywnością metaboliczną organizmu. Liczba kopii genu 16S rRNA w sposób liniowy odzwierciedla etap wegetatywnego wzrostu komórki — pozwala to uzyskać obraz populacji aktywnej, mającej faktyczny wpływ na procesy zachodzące w ekosystemie, takie jak wytwarzanie lub neutralizacja toksyn, cykle biogeochemiczne, czy proliferacja patogenów, podczas gdy pula DNA ekstrahowanego z prób środowiskowych zawiera również materiał genetyczny komórek martwych lub form przetrwalnikowych. PhyloChip, dzięki wysokiej czułości, daje także możliwość detekcji tych mikroorganizmów, których niewielka ilość nie pozwala na wykrycie metodą klasycznej amplifikacji.

Metody bezpośredniej hybrydyzacji i amplifikację DNA z użyciem PCR porównano w czterech doświadczeniach, badając grupę kontrolną zawierająca bakterie i archeony należące do ośmiu różnych taksonów oraz społeczności pochodzące z trzech środowisk: wód gruntowych z zanieczyszczonej chromem warstwy wodonośnej, gleby lasu tropikalnego oraz wody morskiej zawierającej oczyszczone ścieki. Metody dirRNA i dscDNA cechują pewne różnice: hybrydyzacja RNA wymaga minimalnej ilości manipulacji materiałem środowiskowym, jednak wprowadza pewne ograniczenia związane z krótkim okresem półtrwania RNA oraz stosunkowo wysokim poziomem tła; dscDNA pomaga wyeliminować te ograniczenia przy zastosowaniu dodatkowej, pojedynczej rundy amplifikacji. Obie metody stanowią odpowiednio czułe, wiarygodne i ekonomiczne rozwiązania w analizach środowiskowych, a każdą z nich można wykorzystać według indywidualnych potrzeb i preferencji. W stosunku do wyników amplifikacji DNA metodą PCR wykazują one wprawdzie mniejszą różnorodność mikrobiologiczną w próbach, ale za to ukazują istotne różnice w ilości komórek aktywnych i nieaktywnych. PhyloChip w 2008 roku został laureatem nagrody R&D 100 Award.

Monika Kossakowska

PhyloChip umożliwia niezależną od PCR analizę składu społeczności mikroorganizmów
image_pdfimage_print
Podziel się ze znajomymi
Skocz do formularza

Komentarze 0

Nikt jeszcze nie skomentował tego wpisu, napisz coś!
  1. Dodaj komentarz
    (wymagany)
    (wymagany)
    (wymagany)

    Pola oznaczone znaczkiem W są obowiązkowe. Musisz wypełnić wszystkie pola wymagane, aby dodać komentarz.
    Twój adres email, który podasz nie zostanie opublikowany z Twoim komentarzem.

    W treści komentarza dozwolone są tagi XHTML: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>

do góry