Rejestracja

Please leave these two fields as-is:
UWAGA: Prosimy o rozwiązanie prostego równania matematycznego!
zamknij

Zaloguj się

Zapomniałeś hasła?

Jeżeli nie pamiętasz swojego hasła, wyślemy Ci nowe - wystarczy skorzystać ze specjalnego formularza
Przypomnij mi hasło

Zarejestruj się
Napisano: 02 czerwca 2016

Liczba komentarzy: 1
Bioinformatyka — specjalizacja z przyszłości

Kiedy przyjedziecie do Gliwic, wśród przedwojennych budynków kampusu Politechniki Śląskiej bez trudu zauważycie wysoki, odrapany, szary blok. Tak właśnie wygląda Wydział Automatyki, Informatyki i Elektroniki, przez studentów innych wydziałów uczelni ochrzczony mianem „Wieży magów”. To tu kształcą się przyszli inżynierowie bioinformatyki.

Bioinformatyka na Politechnice Śląskiej jest jedną ze specjalizacji prowadzonych w ramach międzywydziałowych studiów biotechnologicznych. Przez pierwsze dwa lata studenci mogą czuć się „niczyi”; nieco wyobcowani zarówno wśród chemików, jak i wśród informatyków. Wszystko się zmienia, kiedy przychodzi czas na wybór specjalizacji. Dumni ze swoich decyzji studenci zamykają się we własnych, hermetycznych środowiskach.

Czym tak naprawdę jest bioinformatyka? Programowaniem, programowaniem i jeszcze raz programowaniem… narzędzi dla biotechnologów innych specjalizacji. W czasie studiów będziecie mieli okazję poznać podstawy C, C++, Matlaba, R, Labview, Perla, Php i kilku innych języków programowania oraz aplikacji. Ich zawiłości nie zawsze są dokładnie tłumaczone na zajęciach. Czasami dostaje się gotowy skrypt w języku, który widzi się po raz pierwszy na oczy i trzeba z nim pracować. Nierzadko przez składnię należy przegryzać się o własnych siłach, jednak studenci nigdy nie są pozbawieni pomocy wykładowców.

„Sprawozdanie” to zdecydowanie najczęściej używane słowo na tych studiach. Bioinformatykom zdarza się pisać ich po pięć, sześć z każdego tygodnia zajęć. Czasem trzeba przedstawić wpływ parametrów klasyfikatora nadzorowanych sieci neuronowych, innym razem zamodelować strukturę przestrzenną anhydrazy albo zaproponować metodę poprawy kontrastu obrazu mikroskopowego. Bez względu na to co i w jakim języku się pisze, większość algorytmów trzeba wymyślić samemu.

W ramach specjalizacji studenci poznają praktycznie wszystko z czym mogą się spotkać w przyszłej pracy, od klasycznych technik analizy DNA, poprzez specjalistyczną analizę rzeczywistych danych, skończywszy na tworzeniu systemów sterujących na przykład oczyszczalnią ścieków, a to i tak tylko ułamek tego, co oferuje uczelnia. Jeśli ma się pomysł albo znajdzie się odpowiedniego opiekuna na uczelni, już na trzecim roku można rozpocząć własną pracę badawczą. W ramach specjalizacji działa również, ostatnio nieco zaniedbane, Koło Naukowe Bioinformatyków. Reaktywacja planowana jest w październiku. Liczymy, że świeża krew zasili nasze szeregi i Koło ponownie stanie na nogi.

Kreatywni studenci znajdą zatrudnienie w ośrodkach badawczych. Wiele osób rozpoczyna badania i analizy konkretnych zagadnień jeszcze w czasie studiów. Wydawać by się mogło, że programowanie to programowanie i nie ma w tym nic ciekawego. Wierzcie mi lub nie, ale nie ma nic piękniejszego, niż widok kompilującego się bez błędów skryptu, jeśli ma się przy okazji świadomość, że to co się stworzyło, może pomóc na przykład w wykrywaniu mutacji odpowiedzialnych za nowotwory. Napisany na zaliczenie program wprawdzie nie zbawi świata, ale przecież i Rzym nie od razu zbudowano.

Jeśli komuś nie odpowiada kariera badacza, zawsze może wykorzystać zdobyte umiejętności w innej pracy. W wielu miejscach potrzeba programistów, zwłaszcza mających choćby blade pojęcie o biologii. Każdy szpital czy laboratorium generuje co dzień dane, które trzeba umiejętnie analizować i składować.

Bioinformatyk, przynajmniej w założeniu, jest specjalistą w dwóch dziedzinach. Potrafi określić problem analizy jak biolog, po czym może sam sobie dobrać odpowiedni algorytm rozwiązujący jak informatyk. Problemem pozostaje obecnie sprzęt. Niektórym analizom nie potrafią podołać nawet najlepsze klastry, a tym bardziej zwykłe, studenckie komputery. Czasami na wyniki, które powinny być dostępne od razu, trzeba czekać i tydzień. Być może w przyszłości sprzęt dostosuje się do potrzeb i możliwości technik bioinformatycznych.

Jeśli macie smykałkę do algorytmiki i nie boicie się nowych wyzwań, wybierzcie się na bioinformatykę. „Wieża magów” przygarnie wszystkie, nawet najbardziej szalone indywidua i pokieruje ich dalszym rozwojem.

Marta Danch

Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej
image_pdfimage_print
Podziel się ze znajomymi
Skocz do formularza

Komentarze 1

  1. 1

    Dla biotechnologa czy biologa molekularnego pracującego w labie badawczym dobry bioinformatyk to skarb. Badania i ich wyniki stają się coraz bardziej „elektroniczne”, więc komputerowa ich obróbka jest obecnie w zasadzie koniecznością. O ile my na przedmiocie „bioinformatyka” uczyliśmy się, jak owych narzędzi używać, tak prawdziwa bioinformatyka tworzy je i ulepsza. Sama nie jestem w te klocki zbyt biegła, więc mam respekt dla ludzi, którzy to ogarniają 🙂 Na razie specyfika zawodu ogranicza możliwości pracy w Polsce raczej do placówek naukowych, choć młodzi doktorzy i doktoranci z mojej uczelni założyli firmę bioinformatyczną i z tego, co wiem, na brak zleceń nie narzekają 🙂

    6 lat temu profil
  2. Dodaj komentarz
    (wymagany)
    (wymagany)
    (wymagany)

    Pola oznaczone znaczkiem W są obowiązkowe. Musisz wypełnić wszystkie pola wymagane, aby dodać komentarz.
    Twój adres email, który podasz nie zostanie opublikowany z Twoim komentarzem.

    W treści komentarza dozwolone są tagi XHTML: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>

do góry