Rejestracja

Please leave these two fields as-is:
UWAGA: Prosimy o rozwiązanie prostego równania matematycznego!
zamknij

Zaloguj się

Zapomniałeś hasła?

Jeżeli nie pamiętasz swojego hasła, wyślemy Ci nowe - wystarczy skorzystać ze specjalnego formularza
Przypomnij mi hasło

Zarejestruj się
Napisano: 19 grudnia 2013

Liczba komentarzy: 0
Komentarz Roche

W nawiązaniu do wpisu, który pojawił się na naszym portalu: Skuteczność testu na Cobas 4800 dla mutacji BRAF V600 pod znakiem zapytania zamieszczamy komentarz firmy Roche Diagnostics:

„Autorzy z Quest sugerują, że metoda sekwencjonowania Sanger ma wyższą czułość analityczną niż test cobas BRAF. Proszę zauważyć że w tym porównaniu poczyniono kilka błędów metodologicznych:

– do badania testem cobas użyto jeden skrawek ( 5 um), natomiast do sekwencjonowania od 5-10 um (duża różnica w ilości DNA) a pomimo tego metoda Sangera dała więcej wyników nieważnych niż cobas.

– działanie testu cobas jest porównywane do metody Sangera, ale wyniki Sangera są użyte jako referencyjne. W wielu innych badaniach wykazano, że Sanger może dawać wyniki fałszywie negatywne oraz fałszywie pozytywne stąd do rozstrzygnięcia niezgodności pomiędzy cobas, a Sanger powinna być użyta trzecia metoda referencyjna, jak sekwencjonowanie nowej generacji. Tego nie uczyniono.

– częstość mutacji nie-V600E wykryta w tym badaniu jest wyższa niż w innych doniesieniach. Biorąc pod uwagę mniejszą objętość próbki i brak metody referencyjnej należy podać w wątpliwość dane o dotyczące częstości mutacji nie-V600E. Wielokrotnie obserwowano, że Sanger nie tylko nie wykrywa mutacji, ale może dawać nieprawidłowe wyniki.

„Poniżej znajdują się wyniki badania walidacyjnego testu cobas w którym porównywano go z metodą Sangera, a rozbieżne wyniki rozstrzygano sekwencjonowaniem nowej generacji (metoda 454). Oba manuskrypty potwierdzają wyższą czułość analityczną testu cobas niż sekwencjonowania Sanger.”

Roche

 

 

 

 

 

 

 

***

Detection of BRAF mutations in melanoma: Rate of mutation detection at codon 600 using Sanger sequencing as compared to the cobas 4800 method.

Sub-category:
Melanoma

Category:
Melanoma/Skin Cancers

Meeting:
2012 ASCO Annual Meeting

Abstract No:
8596

Citation:
J Clin Oncol 30, 2012 (suppl; abstr 8596)

Author(s): Kevin Z. Qu, Qiulu Pan, Xi Zhang, Luis Rodriguez, Jennifer Uyeji, Hairong Li, Albert Ho, Heather Sanders, Anthony Sferruzza, Daniel Jones, Frederic Waldman, Quest Diagnostics Nichols Institute; Nichols Institute, San Juan Capistrano, CA; Nichols Institute, Chantilly, VA; Nichols Instutute, Chantilly, VA; Quest Diagnostics Nichols Institute, Chantilly, VA; Quest Diagnostics, San Juan Capistrano, CA

Abstract:

Background: Detection of BRAF V600 mutations is currently a prerequisite for approved use of vemurafenib in patients with metastatic melanoma. The cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test (Roche Molecular Diagnostics), a PCR-based assay approved to aid in selecting patients for vemurafenib therapy, primarily detects V600E. It is also reported to detect V600K, which has been associated with vemurafenib response as well. We compared the mutation detection rate of the cobas assay with that of Sanger sequencing. Methods: 125 de-identified FFPE tissues submitted for BRAF mutation analysis that all showed histologically-confirmed melanoma were tested. BRAF mutations were detected using both the cobas kit and bidirectional Sanger sequencing using BigDye kits (Applied Biosystems). DNA was extracted from 5-um sections without macrodissection using the cobas DNA extraction kit (for the cobas test) or from 5-10-um sections using Agencourt extraction kits (Beckman Coulter) following macrodissection. Results: The two methods showed agreement in 104/125 (83.2%) of cases (Table). Sanger sequencing detected V600 dinucleotide mutations in 9 samples that were negative by the cobas assay. Sanger sequencing produced no results in 10 cases owing to suboptimal PCR, including 2 that were positive by the cobas assay. The cobas assay produced 2 invalid results, including 1 that was positive for V600E by Sanger.The cobas assay detected 7/11 V600K mutations. Conclusions: Overall agreement between cobas and Sanger sequencing was 83.2%. The Sanger method had higher analytic sensitivity, resulting in nine additional V600 mutations not called by cobas compared to the two seen by cobas but not Sanger sequencing. Thus, 16% (9/57) more patients would be identified as candidates for vemurafenib therapy using the Sanger method.

Not detected Sanger
sequencing
 

 


V600E V600K V600R Non-600 No result Total
Not detected 56 3a 4b 2c 2d 7 74
cobas detected 40 7 2 49
Invalid 1 1 2
Total 56 44 11 2 2 10 125

a 2/3 had dinucleotide mutations (GTG>GAA) and 1 had V600_K601del. b All had dinucleotide mutations (GTG>AAG). c Both had GTG>AGG dinucleotide mutations. d 1) G469R; 2) E501G.

image_pdfimage_print
Podziel się ze znajomymi
Skocz do formularza

Komentarze 0

Nikt jeszcze nie skomentował tego wpisu, napisz coś!
  1. Dodaj komentarz
    (wymagany)
    (wymagany)
    (wymagany)

    Pola oznaczone znaczkiem W są obowiązkowe. Musisz wypełnić wszystkie pola wymagane, aby dodać komentarz.
    Twój adres email, który podasz nie zostanie opublikowany z Twoim komentarzem.

    W treści komentarza dozwolone są tagi XHTML: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>

do góry