Rejestracja

Please leave these two fields as-is:
UWAGA: Prosimy o rozwiązanie prostego równania matematycznego!
zamknij

Zaloguj się

Zapomniałeś hasła?

Jeżeli nie pamiętasz swojego hasła, wyślemy Ci nowe - wystarczy skorzystać ze specjalnego formularza
Przypomnij mi hasło

Zarejestruj się
Napisano: 07 października 2011

Liczba komentarzy: 4
PCR jeszcze bardziej rzeczywisty? Test termocyklera Rotor-Gene Q

W dzisiejszej diagnostyce molekularnej real-time PCR jest niemal tak ważnym narzędziem jak jego o kilkadziesiąt lat starsza kuzynka: konwencjonalna łańcuchowa reakcja polimerazy. Ogromna czułość, wysoka specyficzność, a przede wszystkim tak ważna w diagnostyce możliwość ilościowego oznaczenia parametrów DNA i RNA czynią tę metodę niezastąpioną. PCR w czasie rzeczywistym to jednak nie tylko pomiar ilości transkryptu. Nowoczesne termocyklery dają wiele innych możliwości, a jednym z najlepszych obecnie dostępnych systemów jest qiagenowski Rotor-Gene Q.

Trochę historii

Firma Qiagen od pewnego czasu wyznaje zasadę „jeśli sprzęt jakiejś małej firmy jest dobry, kupmy tę firmę”. Taki właśnie los spotkał między innymi Corbett Research, konstruktora serii urzadzeń Rotor-Gene. Wspaniały koncepcyjnie pomysł, polegający na całkowitym ujednoliceniu warunków panujących w komorze reakcyjnej poprzez zastosowanie rotora, wprowadzono w życie pod koniec ubiegłego wieku i tak narodził się pierwszy rotacyjny termocykler-Rotor-Gene. Pomysł był tak dobry, że został zaadaptowany przez konkurencję — firmę Roche — w najpowszechniej dziś stosowanym w diagnostyce urządzeniu Light Cycler 2.0. W międzyczasie światło dzienne ujrzały kolejne wersje Rotor-Gene’a (2000, 3000 i 6000). Model 6000 w stanie niezmienionym został przejęty przez Qiagen i od tej pory figuruje pod nazwą Rotor-Gene Q.

Funkcje

Rotor prezentowanego termocyklera pozwala na wysoką powtarzalność ze względu na homogenność temperatury w komorze reakcyjnej i stałą wielkość drogi optycznej. Siła odśrodkowa wywierana na próbówki ogranicza także parowanie i pozwala na redukcję objętości reakcji nawet poniżej 10 μl bez strat w jakości odczytu (dotyczy torotorów„wychylnych”, nie próbek w tak zwanych „rotordyskach”).

Ilość próbek jednorazowo obsługiwana przez system zależy od użytego rotora, w wersji domyślnej jest to 36 próbek (reakcja prowadzona w PCR-ówkach) lub 72 próbki (w specjalnych stripach czteropróbówkowych dedykowanych dla Rotor-Gene’a). W wersjirozszerzonej można dokupić specjalne „rotordyski” na 72 lub 100 próbek, chociaż maksymalna homogenność warunków reakcji, zachwalana przez producenta, stoi tu pod znakiem zapytania ze względu na brak wychyłu próbek i nieprostopadły wektor siły odśrodkowej.

Rotor-Gene Q w najbogatszej wersji posiada 6 karnałów detekcji, ktore można zdefiniować na niemal dowolną długość fali w obrębie światła widzialnego i bliskiego UV. Pozwala to na zastosowanie każdego dostępnego obecnie barwnika używanego w sondach molekularnych i zestawach do detekcji niespecyficznej.

Poza główną funkcją ilościowania DNA i RNA Rotor-Gene Q umożliwia analizę profilumetylacji i wysoko rozdzielczą analizę krzywych topnienia (HRM). Zwłaszcza ta ostatnia jest wysoce zaawansowana i pozwala na wykrycie prawie każdej mutacji czy SNP z czułością porównywalną (lub wyższą) do technologii dHPLC. Według niezależnego testu przodujących na rynku systemów do HRM nie ma lepszego termocyklera do detekcji mutacji tą metodą. Moje dotychczasowe doświadczenie wykazało, że system Rotor-Gene 6000/Q jest pod względem analizy HRM porównywalny do LightCycler’a 480 firmy Roche, chociaż, o czym będzie mowa poniżej, w ogólnej ocenie bije on rozwiązanie Roche’a na głowę.

Software

Na szczęscie dla wszystkich użytkowników Qiagen pozostawił oryginalny, corbett’owski software w stanie niezmienionym. Dzięki temu jest on przyjazny użytkownikowi i bardzo praktyczny. Możemy zdefiniować wiele parametrów technicznych, począwszy od długości fal wzbudzeń barwników, przez rodzaj optymalizacji bazowego poziomu fluorescencji, aż po takie szczegóły jak kolory i grubość krzywych reprezentujacych próbki. Możemy robić notatki dla każdego eksperymentu, po wykonaniu analiz wygładzić krzywe (co jest szczególnie ważne w HRM’ie) i eksportować wyniki w formie plików RTF, PDF oraz graficznych.

Termocykler doskonały?

Niestety, jak to w przyrodzie bywa, nic nie jest idealne. Rotor-Gene Q góruje nad konkurencją o porównywalnych parametrach pod wieloma względami: jest relatywnie mały (Light Cycler 480, najpoważniejszy konkurent, jest o połowę większy, ponieważ zastosowano w nim potężne radiatory do chłodzenia stacjonarnego bloku reakcyjnego). Niestety użycie rotora wiąże się ze sporym poziomem hałasu. Nie jest to co prawda odgłos silnika odrzutowego jak w przypadku Rotor-Gene’a 3000, ale wciąż jest głośno, szczególnie podczas chłodzenia.

Jednak jeśli idzie o przepustowość, Rotor-Gene Q nie jest najlepszym wyborem. Maksymalna ilość próbek jednorazowo analizowanych to 100 przy zastosowaniu dysków, czyli minimalniewięcej niż 96 dołków na standardowo używanych płytkach. LC 480 Roche’a umożliwia analizę jednocześnie 384 próbek na płytkach i jest to limit, którego przy manualnym pipetowaniu nie sposób przekroczyć.

Na koniec zostawiłam najważniejszą informację dla tych, którzy rozważają zakup termocyklera do celów diagnostyki in vitro. Od końca 2010 roku Rotor-Gene Q posiada certyfikat IVD. Qiagen produkuje też coraz więcej zestawów dedykowanych do diagnostyki in vitro. Ponadto ogromna większość zestawów komercyjnych innych firm posiada także wersje dedykowane na tę platformę. Co prawda Roche, cieszący się w Europie największą popularnością w diagnostyce, wiedzie prym jeśli chodzi o ilość zestawów z certyfikatem IVD, ale klienci Qiagenu też na pewno nie bedą narzekać.

Podsumowanie

Moim zdaniem Rotor-Gene Q to obecnie faworyt wśród termocyklerów. Fani sprzętów Roche’a uznają to być może za herezję, ale seria Light Cycler wypada blado w porównaniuz urządzeniem Qiagenu. Tańszy zarówno w zakupie, jak i w eksploatacji, zgrabniejszy, od lat bazujący na sprawdzonej konstrukcji, byłby rozwiązaniem idealnym, gdyby nie niższa niż u konkurenta przepustowość i mniejsza dostępność zestawów certyfikowanych IVD. Jeżeli rozważają Państwo zakup cyklera wyłacznie do dlagnostyki wirusologicznej-warto wziąć pod uwagę inne cyklery, jeśli zaś korzystać będą Państwo z przygotowywanej własnoręcznie metodyki do badań naukowych — wybór jest prosty.
Jeżeli mimo tej rekomendacji mają Państwo wątpliwości, jaki termocykler wybrać, odsyłam z pełnym przekonaniem do rzetelnego i w miarę aktualnego zestawienia termocyklerów.

Rotor-Gene Q to jeden z najlepszych dostępnych obecnie na rynku termocyklerów
image_pdfimage_print
Podziel się ze znajomymi
Skocz do formularza

Komentarze 4

  1. 1

    Właśnie się zastanawiam jaki aparat wybrać. Bardzo przydatny wpis.

    5 lat temu profil
  2. 2

    @ktreder – jeśli planujesz diagnostykę, to koniecznie kup z CE-IVD

  3. 3

    Witam, jak wygląda zestawienie cenowe powyższych termocyklerów? Koszty eksploatacji? Do małego rozpoczynającego swą działalność laboratorium diagnostycznego ten termocykler wydaje się być lepszym rozwiązaniem niż duży roche, prawda?

    4 lata temu
  4. 4

    Trzeba poprosić firmy sprzedające sprzęt o ofertę i zniżki i porównać

  5. Dodaj komentarz
    (wymagany)
    (wymagany)
    (wymagany)

    Pola oznaczone znaczkiem W są obowiązkowe. Musisz wypełnić wszystkie pola wymagane, aby dodać komentarz.
    Twój adres email, który podasz nie zostanie opublikowany z Twoim komentarzem.

    W treści komentarza dozwolone są tagi XHTML: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>

do góry